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一、数据来源与类型 1. 实验解析方法 - X射线晶体学:占比最大,适合解析高分辨率的蛋白结构。 - 冷冻电镜(Cryo-EM):近年来快速发展,适合解析大分子量复合物和膜蛋白结构。 - 核磁共振(NMR):适合解析溶液状态下的小分子蛋白和多肽结构。 2. 结构数据类型 - 原子坐标文件(PDB格式):包含每个原子的三维坐标信息。 - 结构因子文件:用于验证X射线晶体结构的质量。 - 可视化文件:支持PyMOL、ChimeraX等软件的结构可视化。 二、核心功能与使用场景 1. 结构检索与可视化 - 支持按PDB ID、蛋白名称、靶点、实验方法等关键词检索。 - 内置3D查看器,可在线查看、旋转、分析蛋白结构。 - 适配场景:验证重组蛋白结构、分析抗体-抗原结合模式、设计药物靶点。 2. 结构分析与验证 - 提供Ramachandran图、立体化学参数等工具,评估结构质量。 - 支持结构比对(如结构叠合),分析同源蛋白的结构差异。 - 适配场景:评估重组蛋白表达产物的结构正确性、优化抗体设计。 3. 药物设计与抗体工程 - 收录大量药物-靶点复合物结构,为药物设计提供直接参考。 - 提供抗体-抗原复合物结构,辅助抗体亲和力成熟和人源化改造。 - 适配场景:抗体定制的靶点分析、重组蛋白药物的结构优化。
